Mặt dù thân là yếu tố được đánh giá sau bộ rễ , nhưng cấu trúc thân sẽ là trung tâm cái nhìn . Nó thu hút sự chú ý của người xem bằng đường nét , hình dáng và màu sắc của cây .

Đây là nơi để nghệ nhân trình bày những kỹ năng sáng tạo một tác phẩm Bonsai theo tư duy riêng của mình , hay nói một cách khác là “ thổi hồn vào tác phẩm Bonsai”.

Khi xác định kiểu thân cho Bonsai cần lưu ý các tiêu chuẩn sau :

Cấu trúc thân phải thuôn dần từ gốc lên đến ngọn, còn gọi là tiêu chuẩn “đầu voi, đuôi chuột”. Thân có thể thẳng, hay nghiêng, hoặc bất kỳ. Trên thân nên có những đường cong bất quy tắc nhưng thật tự nhiên, không nên tạo ra nét của thân quá nhân tạo trong cáu nhìn. Hình dạng thân có tác động lớn trong vẽ đẹp tổng thể. Một thân đẹp nên có những đường cong lớn và đường cong nhỏ phối hợp với nhau một cách hài hòa.

Giữa đường kính gốc và chiều cao cây nên có một tỉ lệ tương đối hợp lý là 1/6. Tuy nhiên, tỉ lệ này có thể sẽ sai khác đi rất nhiều trên từng cây cụ thể. Trên cây có cấu trúc ở phần gốc tương đối lớn thì chiều cao có thể thấp hơn. Đây chỉ là một tỉ lệ cơ bản về sự hài hòa, mang tính chất tham khảo.

không nên chọn phần thân cong ở phía dưới thấp, hướng về phía mặt tiền (ưỡn bụng) để cho trong tầm nhìn không có cảm giác tức mắt, khó chịu. Nên chọn góc độ khác, có thể là phần lõm, hay phẳng của thân cây làm mặt tiền. Nên chọn ở gốc độ mà thân khoe các đường lượn rõ nhất trong tầm nhìn.