Cũng giống như một ngôi nhà, cây cảnh của bạn cần có một nền tảng tốt. Bất cứ điều gì bạn có thể làm để cải thiện sức sống và khối lượng của rễ sẽ được phản ánh trong một phần có thể nhìn thấy của cây. Một cấu trúc gốc bonsai khỏe nói chung là một sản phẩm được chăm sóc bón phân, cắt tỉa cẩn thận.

Cũng giống như các nhánh, phần rễ cũng cần trải đều như hoa nan bánh xe.

Cấu trúc gốc lý tưởng thì các rễ nên  gần với thân cây, các rễ không xoắn xung quanh hoặc cuộn vào nhau.

Ở đây chúng ta thấy một cách để cải thiện rễ trên cây cảnh.  (A) Cây phôi nguyên thủy chưa được chỉnh sửa . (B) Hình ảnh cây thay chậu đầu tiên. một số rễ lớn đã được cắt giảm và điều trị bằng bột rễ hormone, hoặc gel . (C) cây vào cuối năm, điều này có thể mất nhiều thời gian với một cây hạt trần. (D) cho thấy phần rễ còn lại sau khi cắt giảm, điều trị, và (e) kết quả cuối cùng, một cấu trúc xuyên tâm gốc, gần với cây.

Khi hoặc mua một cây, hoặc thu thập một cây từ tự nhiên, bạn sẽ tìm thấy cây sẽ có một rễ chính đi xuống. Nó được gọi là rễ cái và phải được loại bỏ để cây để phù hợp với một chậu cây cảnh nông .

Quá trình này có thể cần phải được thực hiện nhiều lần và trong trường hợp của cây thông thì bạn mất nhiều thời gian để đạt được kết quả mong muốn. Tuy nhiên bạn cũng có thể để tạo ra các rễ mới ở trên nơi mà bạn muốn cắt rễ cái.

Nếu bạn đã cắt bỏ nhiều rễ tại một thời điểm, bạn cũng nên cắt tỉa bớt phần lá nhầm tạo sự cân bằng cho cây.

Tạo ra một sự cân bằng giữa rễ và lá.Khi bạn thay chậu cây của bạn, hãy cố gắng tạo ra một sự cân bằng giữa khối lượng rễ và tán lá . Điều này có nghĩa là bạn phải giảm những tán lá.